كما هو الحال مع الألواح الشمسية والمحولات، تتطلب المضخات الشمسية تنظيفًا منتظمًا للحفاظ على الأداء الأمثل. يمكن أن يتراكم الغبار والأوساخ وغيرها من الحطام على الألواح الشمسية التي تشغل هذه المضخات، مما يقلل من كفاءتها. ومن الضروري تنظيف هذه الألواح بشكل دوري، خاصة في المناطق المتربة أو المأهولة بالطيور. استخدم الماء وفرشاة ناعمة لتنظيف السطح بلطف دون إتلاف الألواح.